Lupin, Goemon et Jigen prennent un mini-hélicopter et se dirigent vers la mystérieuse île de la Drifting à la recherche d'un trésor qui serait caché quelque part dessus. Grâce à leur exploration de l'île, le trio rencontre la Nanomachine mortelle, le système de sécurité de l'île. Le trio déclenche l'alarme, donnant vie à la nanomachine. La clé pour résoudre le mystère de l'île est la petite nation de Zufu. Cette nation autrefois prospère est maintenant gouvernée par le général Headhunter, impitoyable, collectionneur de couteaux. Fujiko effectue ses recherches habituelles et pirate le général Headhunter’s ordinateur espérant trouver quelques informations cruciales. Zenigata a reçu un message vidéo de Lupin dans lequel Lupin annonce son désir pour le trésor inestimable. Oleander, un officier blond enflammé avec quelques secrets cachés, entre pour aider Zenigata. Armés de leurs nouvelles informations, Lupin, Goemon, Jigen et Fujiko retournent à l'île de la Drifting, mais cette fois-ci ils sont suivis par le général Headhunter.