En 1999, un vaisseau spatial extraterrestre géant atterrit sur l'île d'Atarie du Sud. L'humanité tente de reconstruire cette merveille, mais les conflits politiques centrés autour du Macross aboutissent à une guerre mondiale. Après 10 ans, les guerres d'unification sont enfin terminées, le nouveau gouvernement des Nations Unies de la Terre est au pouvoir et les travaux sur le Macross sont terminés. Le jour de la cérémonie de lancement, son canon principal tire seul, détruisant un vaisseau extraterrestre. Ce jour fatidique marque le début de la guerre entre les humains sur le Macross et le Zentradi, une race d'aliens humanoïdes aux proportions géantes.