A.D. 2040 - Trente ans se sont écoulés depuis que la bataille entre la Terre et les forces Zentraedi a changé la vie des deux races. Sur la planète Eden, un projet top-secret connu sous le nom de Supernova est retenu pour déterminer le chasseur variable de nouvelle génération de l'ONU Spacy. La concurrence pour gagner le financement sont YF-19 de Shinsei Industries et YF-21 de General Galaxy. Piloter le YF-21 c'est Guld Goa Bowman, un demi-humain, demi-Zentraedi. Shinsei reçoit son nouveau pilote d'essai sous la forme du pilote de chasse indiscipliné Isamu Dyson, qui était autrefois un ami de Guld. Pendant ce temps, alors qu'Isamu et Guld se battent furieusement pour voir lequel de leurs combattants est supérieur, un Idol Virturoid nommé Sharon Apple doit interpréter son premier concert sur Eden. En charge de Sharon est producteur Myung Fang Lone, un autre ancien ami d'Isamu et Guld. Quand les trois se rencontrent, de vieilles disputes naissent d'un passé troublé. Peu savent-ils que leurs incidents passés - avec le projet Supernova et Sharon Apple - les rassembleront d'une manière ou d'une autre.