Macross Delta se déroule en 2067, 8 ans après les événements de la dernière série télévisée Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et le Delta Squadron, une équipe de pilotes Valkyrie expérimentés qui combattent contre le syndrome de Var, un phénomène mystérieux qui consomme la galaxie et il y a aussi la mystérieuse équipe de chasseurs Aerial Knights Valkyrie du Royaume du Vent.