Une nuit, Madoka, 14 ans Kaname a un cauchemar terrible - dans le contexte d'une ville dévastée, elle est témoin d'une jeune fille qui combat une bataille perdue contre un terrible être qui s'attarde au-dessus, tandis qu'une créature magique comme un chat raconte Madoka le seul moyen de changer ce résultat tragique est de faire un contrat avec lui et devenir une fille magique. Le lendemain, le rêve de l'adolescente semble devenir réalité alors que la fille qu'elle a vue dans son rêve - Homura - arrive à Mitakihara Middle School en tant qu'étudiante de transfert, avertissant mystérieusement Madoka de rester comme elle est; mais quand plus tard elle et son meilleur ami Sayaka rencontrent la même créature magique de chat de son rêve - qui se présente comme Kyubey - le couple découvre que les filles magiques sont réelles, et ce qui est plus, ils peuvent choisir de devenir une. Tout ce qu'ils doivent faire, c'est signer un contrat avec Kyubey et accepter d'assumer le devoir de combattre les êtres abstraits appelés « sorcières » qui répandent le désespoir dans le monde humain, et en retour, chacun d'entre eux se verra accorder n'importe quel désir qu'il désire. Cependant, comme le suggère le présage d'Homura, il pourrait y avoir bien plus à devenir une fille magique que Madoka et Sayaka réaliser... Remarques: En raison du tremblement de terre et du tsunami de Tōhoku de 2011, les émissions des épisodes 11 et 12 ont été retardées et diffusées par la suite sous forme de double titre le 21 avril 2011.