La deuxième saison de Ansatsu Kyoushitsu.Les étudiants reviennent car l'école est de retour en session pour le deuxième semestre. Suite à leurs exploits sur l'île pendant les vacances d'été, la classe 3-E continue d'aiguiser ses lames en visant leur professeur, le glissant Koro-sensei. Ils ont plus à s'inquiéter que leur professeur, cependant, car les assassins ennemis, anciens et nouveaux, sont en quête de la prime accrue sur la tête de la pieuvre.De plus, leurs rivaux de la classe A, ainsi que le redoutable directeur du lycée de Kunugigaoka, risquent d'empêcher la classe E d'atteindre l'excellence académique. Avec tous ces obstacles qui les opposent, le groupe doit continuer à travailler ensemble afin de vaincre leurs ennemis et d'atteindre leur objectif d'assassiner avec succès leur professeur.