La deuxième saison d'Ansatsu Kyoushitsu. Les élèves retournent à l'école pendant le deuxième semestre. À la suite de leurs exploits sur l'île pendant les vacances d'été, la classe 3-E continue d'affiner leurs lames avec leurs vues posées sur leur professeur, le Koro-sensei glissant. Ils ont plus à s'inquiéter que seulement leur professeur, cependant, comme les assassins ennemis, à la fois vieux et nouveaux, sont dehors pour la prime accrue sur la tête de la pieuvre. De plus, leurs rivaux en classe A, ainsi que le terrible directeur du Junior High de Kunugigaoka, peuvent empêcher la classe E d'atteindre l'excellence académique. Avec tous ces obstacles qui s'opposent à eux, le groupe doit continuer à travailler ensemble pour surmonter ses ennemis et atteindre son objectif d'assassiner avec succès son professeur.