Appleseed Alpha représente les débuts de Deunan Knute et Briareos au 22ème siècle, alors qu'ils s'embarquent dans un voyage à travers les ruines dystopiques de New York à la recherche de la ville d'Olympe. Ils sont embauchés par Two Horns, le seigneur de guerre de la ville ruinée, pour éliminer les machines de combat bipédiques. Pendant le combat, ils encaissent Iris et Olson, tous deux en mission. Deunan et Briareos sont amis avec eux et décident de rejoindre leur mission. Iris est chargé d'empêcher le cyborg maléfique Talos de capturer une arme secrète que les humains construisaient. Talos utilise Iris pour activer la gigantesque machine de guerre.