Quelques mois se sont écoulés depuis que Tomoya a déclaré son amour à Nagisa, et sa vie continue d'avancer alors qu'il continue à rencontrer une variété de nouvelles personnes, élargissant son monde dans le processus. Tandis que le monde de Tomoya continue à se développer, sa relation avec Nagisa entre dans une nouvelle phase, et aucun d'eux n'est tout à fait sûr où il les prendra. Grâce à sa relation avec Nagisa, Tomoya commence à comprendre le sens et l'importance de la famille. Mais comme Tomoya et Nagisa commencent leur propre famille, ils sont confrontés à de nombreuses difficultés le long du chemin à Clannad: After StoryNote : Comprend 2 épisodes « extra » et « résumé » non numérotés qui ont été diffusés à la fin de la série.