Dans A.G. 101 (la 101e année du calendrier de la génération avancée) une entité mystérieuse connue uniquement comme UE, ou ennemi inconnu, attaque et détruit la colonie spatiale Angel. Cette attaque brutale devient célèbre comme le Jour de l'Ange Fell, et marque le début de la guerre de l'humanité pour la survie. La série commence en A.G. 108 lorsque l'UE attaque la colonie spatiale Ovan, où Flit Asuno vit avec sa mère. La mère de Flit est tuée par l'UE, et dans ses affaires (dans un objet appelé AGE Device), il découvre les plans d'une arme puissante du passé - l'ancien messie nommé Gundam. De ces plans, Flit passe les prochaines années à étudier l'ingénierie dans une base de la Fédération de la Terre sur la colonie spatiale Nora et à concevoir l'AGE-1 Gundam. Sept ans plus tard, en A.G. 115, Flit complète le Gundam, tout comme l'UE attaque Nora. Flit et sa lignée pilotent l'AGE-1 pour protéger l'humanité.