300 ans après un grand conflit entre la Terre et Mars connu sous le nom de guerre de Calamity, une femme nommée Kudelia s'engage sur un voyage sur Terre pour parler de l'indépendance de la ville martienne de Chryse, qui est sous le contrôle du gouvernement de la Terre. Elle est la société de sécurité privée CGS membres Mikazuki Augus et Orga Itsuka. Lorsqu'un groupe nommé Gjallarhorn attaque CGS et Kudelia, Orga voit là une chance de se rebeller contre CGS et de lancer un coup d'État. Mikazuki et Orga sont poussés dans un nouveau conflit. Pour débarquer Gjallarhorn, Mikazuki monte un vieux costume mobile de la guerre de Calamity, alimenté par un réacteur nucléaire, le Gundam Barbatos.