Dans la deuxième saison, l'histoire continue exactement là où elle s'était arrêtée auparavant. La cave de fermentation et le laboratoire du professeur Itsuki sont prêts à fonctionner et avec le cadeau unique de Sawaki Tadayasu pour voir et communiquer avec les microbes pour aider, le groupe d'étudiants Itsuki commence à traiter différents produits fermentés comme la sauce de soja et le saké.