Pendant la période d'Edo, trois capsules spatiales mystérieuses ont été envoyées sur terre. Craignant qu'il puisse amener le chaos sur la terre, les humains enterraient ces 3 objets sous le sol et confièrent une carte descriptive à la famille Kamui. Aujourd'hui, ces 3 objets étaient éveillés un par un. Le premier à se réveiller, Tri-Zenon, l'un des Zenon Guardians est maintenant conduit par le descendant de la famille Kamui, Akira Kamui, son frère Ai Kamui et son ami Kanna. Les étrangers qui descendent sur la terre avec un but devront maintenant affronter Tri-Zénon.