Silencieux, apathique mais malicieux, Rokujou Miharu, 14 ans, est le porteur du hijutsu, Shinrabanshou, une puissante technique que de nombreux clans ninja désirent posséder pour devenir le chef de Nabari. Kouichi et son professeur d'anglais Kumohira sont tous deux secrètement des ninjas du clan Banten, s'engageant à protéger Miharu de ses nombreux agresseurs. Rester apathique, Miharu tente de rejeter leur invitation à rejoindre leur ninja 'club' cependant, après de nombreuses attaques; il ne trouve pas d'autre choix que de rejoindre leur groupe comme un moyen pour sa survie. Miharu s'approche lentement de la règle de Nabari.