Après avoir été capturé pour avoir tenté d'assassiner le chef de Kumogakure, le Raikage, et tué Jounin de Kirigakure et d'Iwagakure, Naruto est emprisonné à Houzukijou, un centre de détention criminelle également connu sous le nom de prison de sang. Le maître du château, Mui, utilise le jutsu de prison ultime pour voler le pouvoir aux prisonniers. Dans cet endroit, quelque chose vise la vie de Naruto. La bataille pour prouver son innocence et découvrir la vérité a commencé pour Naruto et ses amis.