L'opération de recherche d'une personne disparue tourne mal lorsque Kakashi Hatake est victime d'un piège suspect et est séparé de ses élèves Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha et Sakura Haruno. Pour aggraver les choses, le trio est pris en embuscade par de mystérieux ninjas qui capturent Sakura, incitant Naruto et Sasuke à se donner la chasse. Alors que les deux garçons s'engagent dans une bataille dangereuse, même la découverte troublante de Sasuke au sujet de la mission ne peut les dissuader de leurs efforts pour réunir l'équipe et accomplir leur tâche.