Continuant là où la première saison s'est écoulée, l'augmentation soudaine de Thanatos avec la disparition des Chasseurs d'Aube a maintenant laissé Arcadia en ruine. Le désespoir règne alors que l'Organisation religieuse se bat pour combattre les Thanatos. Six mois s'étaient déjà écoulés depuis que le manoir d'Hidamari a brûlé en cendres, les chasseurs d'Aube, autrefois salués comme des héros, sont maintenant accusés de l'apparition de Thanatos. Néanmoins, l'espoir existe encore pour la réapparition de l'œuf de la Reine un jour, qui deviendra le sauveur de l'Arcadia. Mais peu connus de beaucoup, les Chasseurs d'Aube attendent en fait silencieusement l'éveil d'Angélique, qui a dormi tout le temps.