Dieu mineur Yato a perdu sa chance. Fédéré par son style de vie plus lâche, son partenaire démissionne brusquement. Il n'a ni argent, ni adorateur, ni sanctuaire pour rentrer chez lui. Mais juste quand les choses commencent à sembler désespérées, un accident de bus l'oblige à croiser les chemins avec Hiyori Iki, une fille douce et perky lycéenne. Après l'accident, l'âme de Hiyori a une mauvaise habitude de glisser hors de son corps, et après avoir engagé l'aide de Yato pour la ramener à la normale, elle commence à tomber dans le monde des esprits et des dieux. Mais Hiyori n'est pas le seul à surveiller Yato. Un dieu du passé de Yato est de retour, et il n'est pas intéressé par une réunion amicale.