L'année est U.C. 0105. Douze ans se sont écoulés depuis la fin de la deuxième guerre de Neo Zeon (Rebellion de Char). Même après le choc de l'Axe, qui semblait indiquer l'avenir de l'humanité et du siècle universel, le monde est toujours dans une situation chaotique où des conflits militaires intermittents continuent de éclater. Le gouvernement de la Fédération de la Terre est plus corrompu que jamais, et ses dirigeants ont non seulement accéléré la pollution de la Terre, mais ont également mis en œuvre une politique inhumaine de chasse à l'homme dans laquelle des civils sont exilés de force dans l'espace. L'organisation gouvernementale anti-fédération, "Mafty", dirigée par quelqu'un appelé "Mafty Navue Erin", a pris position contre la corruption de la sphère terrestre. Mafty mène des actes de terrorisme féroces, assassinant de hauts fonctionnaires du gouvernement de la Fédération l'un après l'autre, mais il obtient un certain niveau de soutien de la population qui s'oppose de plus en plus au gouvernement de la Fédération. La personne qui s'appelle "Mafty" et dirige cette organisation est Hathaway Noa, le fils de Bright Noa, un officier des Forces de la Fédération de la Terre qui a participé à la guerre d'un an. Hathaway s'est joint aux forces pour arrêter la rébellion de Char. Avec une connaissance directe des idéaux et des idéologies d'Amuro Ray et de Char Aznable, il est devenu un guerrier qui suit leurs traces, et prévoit de dégager un chemin à travers la résistance armée. Son destin, cependant, est radicalement modifié en rencontrant l'officier des Forces de la Fédération Kenneth Sleg et une mystérieuse jeune beauté nommée Gigi Andalucia.