L'histoire a lieu en 2138 quand le jeu de réalité virtuelle est en plein essor. Yggdrasil, un jeu en ligne populaire est tranquillement fermé un jour. Cependant, le protagoniste Momonga décide de ne pas se déconnecter. Momoga est ensuite transformé en image d'un squelette comme le plus puissant des magiciens. Le monde continue de changer, avec des personnages non joueurs (NPC) qui commencent à ressentir de l'émotion. N'ayant ni parents, ni amis, ni place dans la société, ce jeune homme ordinaire Momonga s'efforce alors de prendre en charge le monde nouveau que le jeu est devenu.