Ren Amamiya est sur le point d'entrer dans sa deuxième année après son transfert à l'Académie Shujin à Tokyo. À la suite d'un incident particulier, sa Persona se réveille, et avec ses amis, ils forment les voleurs fantômes de cœurs pour réformer le cœur des adultes corrompus en volant la source de leurs désirs déformés. Pendant ce temps, des crimes bizarres et inexplicables sont apparus l'un après l'autre... Vivant une vie de lycée ordinaire à Tokyo pendant la journée, le groupe manœuvre la ville métropolitaine comme Phantom Thieves après des heures. Laissez le rideau se lever pour cette grande histoire picaresque !