L'histoire se déroule dans Diamond Ore Country, dont Diancie est la princesse. C'est un pays situé en profondeur sous terre, où les Pokémon Carbink vivent ensemble en paix. La source d'énergie de ce pays est un diamant géant appelé le diamant sacré, qui ne peut être créé que par la princesse Diancie. Cependant, la princesse actuelle ne possède pas encore le pouvoir de créer un tel diamant, et le pouvoir actuel du diamant sacré va bientôt s'épuiser, ce qui entraînerait la fin du pays. Diancie rencontre Ash et Pikachu, et part avec eux à la recherche du légendaire Pokémon Xerneas, qui possède un pouvoir sacré, mais en chemin, ils trouvent le cocon où le Destruction Pokémon, Yveltal, qui aurait autrefois détruit la vie à Kalos, est en attente.