Réécrire est situé dans la ville fictive Kazamatsuri, où la plantation d'arbres et le boisement ont fait la ville pour devenir envahi par les arbres et les fleurs de la même manière que les autres villes sont remplies par des bâtiments. Cependant, si la plupart des villes semblent être rurales, il y a aussi beaucoup d'éléments traditionnels. Dans un cadre moderne, la ville donne aussi un étrange sentiment de nostalgie. Tennouji Kotarou vit ici. C'est un étudiant du secondaire qui a la capacité de réécrire son propre corps ; il peut devenir plus fort et plus rapide à tout moment qu'il choisit. Il enquête sur les mystères surnaturels avec cinq filles de son école.