Himura Kenshin est un vagabond au passé sombre et au soleil. Ce n'est pas un ronin, mais un rourouni, il n'a jamais été un samouraï, mais un assassin de la plus haute compétence dans la restauration de Meiji, qui dans le tournant de la guerre a simplement quitté. Ses voyages le conduisent à Tokyo dans la 11ème année de l'ère Meiji, où il se lie d'amitié avec une femme maître Kendo, un ancien voleur, un braqueur et un médecin avec leurs propres secrets. Ensemble, ils combattent les ennemis qui font face au passé sombre que Kenshin ne peut échapper.