La deuxième série est de suivre les événements du deuxième jeu vidéo, se concentrant sur le continent perdu de Mu. L'ancienne civilisation a disparu il y a des siècles, et quelques-uns de ses restes existent encore comme mythes et légendes appelés UMAs (forme de vie non identifiée). Les UMA commencent à fusionner avec les humains afin de rechercher les trésors de Mu, les ooparts puissants, qui leur donneront le pouvoir de raviver Mu. Après Subaru et War-Rock rencontrent plusieurs ennemis inhabituels, ils rencontrent un professeur nommé Docteur Orihime qui les envoie dans une quête pour trouver les ooparts et arrêter les UMA. En utilisant les ooparts, Rockman peut prendre de nouvelles formes, dont Thunder Berserk, Fire Dinosaur et Green Shinobi.