Après que le noble Royaume Kappa soit tombé aux mains de l'Empire Otter, le prince Kappa Keppi perd une grande partie de son pouvoir et devient impuissant face aux Kapa-zombies invisibles. Ces zombies ravagent le monde et sont les créations des Loutres et les manifestations des désirs les plus profonds des gens. Sans autre choix, Keppi doit compter sur trois jeunes garçons: Kazuki Yasaka, qui doit emporter une boîte avec lui partout où il va; Enta Jinnai, l'amie d'enfance de Kazuki; et Tooi Kuji, un délinquant et un absentéisme scolaire. En leur enlevant l'organe mythique appelé shirikodama, les garçons peuvent devenir eux-mêmes Kappa et combattre les Kapa-zombies. Cependant, pour les vaincre, les garçons doivent se connecter les uns aux autres via leur esprit, leur corps et, surtout, leurs secrets. Alors que le Royaume Kappa compte sur ces garçons, ils doivent se révéler comme ils ne l'ont jamais fait auparavant, tout en apprenant que les liens sont des choses fragiles et vraiment précieuses.