Dans ce monde, il y a un groupe de personnes qui se disent Majo ou Magical Girls. Ils cachent leurs pouvoirs pour s'assimiler à l'environnement. Ils vivent ensemble en harmonie avec les humains depuis de nombreuses années, et leurs prédécesseurs continuent de le faire. Sasami était intronisée par des pouvoirs magiques depuis sa naissance. Cependant, à l'âge de trois ans, ses parents lui ont dit de ne jamais utiliser ses pouvoirs innés et, à partir de ce moment, l'avaient gardée secrète pour tout le monde. Le jour d'un nouveau terme scolaire, un nouvel enseignant de transfert du nom de Wajuu arrive et, à partir de là, la vie de Sasami commence à changer énormément.