Nikumaru, qui signifie boule de viande en japonais, est un étudiant de dix-sept ans au lycée Ninja, une école spéciale pour la formation du ninja. Il est court et potelé, mais il possède une super technique connue sous le nom de kamikaze, où il remue un tourbillon avec ses pieds. La série présente ses nombreuses aventures et farces alors que Nikumaru rencontre ses rivaux à l'école et en dehors.