En 2012, le monde est un désert envahi par les extraterrestres. Les voyageurs du temps comme Fumiaki sont renvoyés à l'année 1999 afin de détruire la clé Nostradamus pour empêcher l'apocalypse. En 1999, Maya, fille de l'ancien directeur de l'Académie Waldstein (alias Occult Academy), retourne à l'académie pour remplacer son père. Désobéissant à l'obsession de son père envers l'occultisme, Maya est en enfer pour mener l'école au sol par dépit. Son plan est interrompu quand elle rencontre Fumiaki et apprend la destruction prochaine du monde. Ils forment un pacte pour chercher la clé.