L'année une course de comètes à travers le ciel, coupant les cieux, des profondeurs de la terre le dieu obscur se lèvera une fois de plus. Alors, le mal sombre qui se cache dans l'ombre sortira des profondeurs de l'Enfer et se montrera dans le monde présent. Les émotions de la lame du vent s'accumulent à la source de la lumière bleue. Et les trois lames deviendront une seule, pour vaincre le mal. L'année est 1580, et les armées impies du Seigneur Nobunaga Oda se sont régulièrement répandues à travers le Japon. Échapper étroitement au massacre de son clan, un jeune ninja vole dans l'ombre. C'est l'Ayame, la dernière du clan Kasumi, et la dague qu'elle manie est une des trois lames mystiques. Elle est rejointe par Sakon et Ryoma, renégade ninja et les possesseurs de l'épée sacrée et de la lance. Maintenant, ces guerriers de l'ombre doivent unir leurs armes et leurs compétences pour accomplir "La prophétie des épées enchantées" ou mourir en essayant... C'est une version coupée de l'EVA précédente.