Un météore frappe la Terre et émane d'une puissante nouvelle énergie appelée Beamler, qui est utilisée pour alimenter un robot de combat, GoShogun, et une forteresse téléportante, Good Thunder. Le Syndicat du crime de Docougar, dirigé par le seigneur du crime Neo Neros, tente de voler le secret de l'énergie à l'inventeur de GoShogun, mais il se tue plutôt que de les laisser l'acquérir. Son fils est pris pour cible par Neo Neros, mais il est pris par l'équipage à bord de Good Thunder, qui voyage dans le monde en combattant les forces de Neo Neros avec GoShogun.