Poursuivant les événements de la dernière série (Shakugan no Shana II), Shana et Kazumi se tiennent à leurs emplacements respectifs attendant que Yuji rencontre l'un d'entre eux, seulement pour découvrir que Yuji a disparu, sans la moindre preuve de son existence. Tout n'est cependant pas perdu, car les lettres que les deux d'entre eux lui ont envoyées donnent encore espoir de l'existence de Yuji. Alors que Shana et la compagnie cherchent des réponses sur le lieu où se trouve Yuji, ils trouvent bientôt la vérité les regardant quand Yuji réapparaît devant eux en tant que chef de Bal Masqué. A gauche avec peu de choix, Shana doit maintenant affronter son adversaire le plus improbable sur le champ de bataille dans son défi le plus difficile encore.