L'année est 1999. Amamori Hajime n'est qu'un élève ordinaire de l'école élémentaire, essayant d'étudier et de traîner avec ses amis fous. Mais un jour, alors que son père teste une pièce d'équipement sur laquelle il a travaillé, quelque chose la fait exploser, prendre la maison avec elle! Maintenant orphelin, Hajime est pris par son oncle, qui est un astronome. Là-bas, à l'observatoire de son oncle, il rencontre une fille qu'il a déjà vue et a développé un peu d'amour. Il découvre que son nom est Yukino Yayoi, et ses parents dirigent un magasin de ramen en ville. Mais même mieux que ça, elle est l'assistante de son oncle ! Quelle chance ! Mais Yayoi n'est pas exactement ce qu'elle semble. Il y a une raison pour laquelle elle aide Amamori-san à l'observatoire. Elle est la Reine millénaire (Sen-Nen Joou), spécialement choisie par sa planète natale, LaMetal, pour aller sur Terre et aider à se préparer à l'éventuel anéantissement de la planète. Qu'est-ce qui va causer ce désastre ? LaMetal a une orbite extrêmement elliptique, qui l'envoie très, très près de la Terre tous les 1000 ans. Quand elle est assez proche, la terre réagit, provoquant toutes sortes de catastrophes naturelles. Bien qu'elle ait été choisie avec l'idée de protéger LaMetal à l'esprit, son plan personnel est d'évacuer autant d'humains que possible à LaMetal, donc si leur planète est détruite, ils survivront. Cependant, il y a une personne qui s'efforce d'arrêter son plan, le chef des théories millénaires. Pourquoi veut-il arrêter Yayoi ? Et comment sait-il pour la reine millénaire ?