Lors de son premier jour de collège, Eren Yeager se retrouve face à face avec un titan-et se fait voler son déjeuner! À partir de ce jour, il garde rancune contre les titans pour lui avoir pris sa nourriture préférée, un cheeseburger, jurant d'éliminer leur espèce une fois pour toutes. Avec sa sœur adoptive Mikasa Ackerman et leur ami Armin Arlert, le trio traverse les salles du Titan Junior High, rencontre des visages familiers et participe à diverses activités parascolaires dans le cadre du Club de nettoyage des murs. Une parodie de la série parent immensément populaire, Shingeki! Kyojin Chuugakkou place des personnages bien-aimés comme des élèves du premier cycle du secondaire, se battant pour protéger leurs déjeuners des titans gloutons.