Shiki Tohno a subi des blessures mortelles en tant qu'enfant, et à la suite de cet incident il a été renvoyé de la maison Tohno et a été donné à un parent à élever. Des années plus tard, quand Shiki est au lycée, le chef de la maison Tohno— son père—dies, et il est ordonné de revenir par sa soeur Akiha, qui est le nouveau chef de la maison. Cependant, Shiki tient un énorme secret. Depuis cette blessure, il a vu des lignes sur des objets, et seulement avec une paire spéciale de lunettes, il peut arrêter de les voir. Il est également incapable de se souvenir de quelque chose de bien depuis l'époque de son accident. Le jour où il retourne à la maison Tohno est le jour où il tombe sur une femme nommée Arcueid Brunstud et la décapite d'un coup de couteau dans un état de folie temporaire. Quand elle s'est soudainement montrée près de lui plus tard vivant et bien, et lui a demandé d'être son garde du corps, le voyage de Shiki pour démêler les mystères de son passé commence.