La ville de Hayato est dévastée par un robot géant, ses parents sont tués dans le massacre. Le seul ami qui lui reste est son chien Jack, les seules choses qui restent sont la chaussure de maman et une photo d'un homme et d'une femme qui, comme son père lui dit sur son lit de mort, sont ses vrais parents. Hayato veut se venger de celui qui aurait envoyé le robot : le terrible vaisseau fantôme qui menace les navires et qui serait censé vouloir tout exterminer. Mais Hayato tombe sur une usine souterraine secrète de M. Kurosio, propriétaire de la plupart de tout dans la ville - et réalise que les choses ne sont pas comme M. Kurosio lui a dit... Quelqu'un de terrible vit dans un château sous la mer... Hayato essaie de dire la vérité aux gens - mais sa vie est maintenant en danger par celui qui ne veut pas être connu. Hayato n'est sauvé que par le capitaine du vaisseau fantôme... Hayato est sur le point de découvrir plus que le seul secret qu'il a cherché.