La bataille pour la succession qui s'est poursuivie pendant trois générations de shogun à l'époque de Keichou a culminé dans une terrible bataille d'art ninja entre les clans Kouga et Iga. Au milieu d'une pluie de pétales de fleurs, un homme et une femme qui avaient décidé de vivre par amour furent à nouveau séparés, beaux dans leur transience. Cependant, il est dit que par la main du fils adopté de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, ces deux pétales de fleurs, temporairement ou définitivement, ont été donnés la vie à nouveau et laissés deux mémentos derrière. Ces enfants, nés avec un destin propre, ont été appelés Kouga Hachirou et Iga Hibiki. Le premier avait des yeux comme ceux de son père, et le second avait des yeux comme ceux de sa mère. C'est maintenant l'ère Kan'ei, et la terre est en paix. Alors que les ninjas commencent à disparaître dans l'ombre après avoir été jugés inutiles, les clans Kouga et Iga demandent une faveur à Hachirou et Hibiki dans l'espoir de renforcer leurs fondations.