Situé dans l'école technique Shinigami pour les meisters d'armes, la série tourne autour de 3 groupes de chacun une meister d'armes et une arme humaine. En essayant de faire de ce dernier un Scythe de la Mort qui est le titre le plus élevé pour une arme et donc apte à être utilisé par le Shinigami, ils doivent recueillir les âmes de 99 mauvais humains et 1 sorcière. Maka & Soul Eater, Black Star & Tsubaki et Death the Kid avec Patty et Liz Thompson sont les personnages autour de Soul Eater. En plus de prendre le temps de rassembler des âmes, ces élèves de Shibusen défendent la Cité de la Mort de certaines des créatures les plus puissantes tout en restant à l'école et en essayant de devenir plus forts.