Lorsque les Anges Ombres envahissent après 12 000 ans de sommeil, l'humanité est tenue captive par la peur et la domination extraterrestre. Onze ans après que la Grande Catastrophe ait décimé le monde, la plupart de ceux qui sont restés vivants sont des charognards, sales et affamés dans les rues. Il y a cependant de l'espoir : l'Aquarion Ange Mécanique ! Propulsé par trois âmes entremêlées, une race rare de pilote prend les commandes. Connu sous le nom d'éléments, l'un d'entre eux doit s'élever pour que l'humanité puisse survivre. La prophétie s'accomplit alors que la fin du monde s'approche... Par un nuage tourbillonnant d'amour, de trahison, de perte et de destinée, le dernier espoir pour le nouveau siècle arrive et s'envole !