Au plus profond des monts Ararat, en Turquie, une organisation secrète connue sous le nom d'ARCAM a trouvé ce que l'on croit être l'Arche de Noé. Cependant, le U.S. Machine Corps., une organisation voyou du Pentagone, veut prendre le contrôle de l'Arche comme moyen de suprématie mondiale. Seul un ARCAM spécial connu sous le nom de Spriggan est sur leur chemin. Le Japonais Spriggan Yu Ominae fait équipe avec le Français Spriggan Jean-Jacques Mondo pour combattre les membres du U.S. Machine Corps. dirigé par le colonel MacDougall - un garçon génétiquement amélioré avec des pouvoirs psioniques mortels. Cependant, ils doivent agir rapidement et arrêter MacDougall avant qu'il utilise l'Arche pour son propre programme.