Après un an en Amérique, Kurisu Makise revient à Akihabara et retrouve Rintarou Okabe. Cependant, leur réunion est raccourcie quand Okabe commence à éprouver des flashs récurrents d'autres échéanciers que les conséquences de son voyage de temps commencent à se manifester. Ces effets secondaires finissent par aboutir à la disparition soudaine d'Okabe du monde, et seul le Kurisu surpris a un souvenir de son existence. Au milieu du désespoir, Kurisu est confrontée à un choix vraiment difficile qui mettra à l'épreuve son devoir de scientifique et sa loyauté d'amie : suivre le conseil d'Okabe et rester loin de voyager dans le temps pour éviter les conséquences potentielles qu'il peut avoir sur les lignes du monde, ou l'ignorer pour sauver la personne qu'elle chérit le plus. Quelle que soit sa décision, la voie qu'elle choisit est celle qui affectera le passé, le présent et l'avenir.