Aoi Nagisa se transfère dans l'une des trois écoles catholiques affiliées à Astraea Hill, St. Miator's Girls' Academy. Là, elle découvre une communauté de camarades d'école s'entretenant dans une hiérarchie complexe, dans laquelle deux Etoiles représentent les trois écoles. Pour s'intégrer, Nagisa doit aller en classe, rejoindre des clubs et se faire de nouveaux amis. Pendant ce temps, Shizuma Hanazono, la seule Etoile d'Astraea Hill, se retrouve attirée par cette nouvelle étudiante en transfert passionnante. Alors que Shizuma et Nagisa se connaissent, Shizuma décide enfin qu'il est temps de faire face à son passé troublé.