Shunta Mogami aime le jeu Battle Spirits. Un jour, il est transporté par une lumière d'une carte des Esprits de bataille au monde des Esprits, l'origine de tous les Esprits de bataille. Il rencontre une fille nommée Eto, qui prétend l'avoir convoqué au Monde des Esprits afin d'empêcher sa destruction par les mains du Roi-Dieu ressuscité, qui a une fois comploté la destruction du Monde des Esprits avant d'être vaincu et scellé. Avec les Yoku Albatrosa confiants, qui sont venus d'un autre monde, Shunta s'apprête à trouver les douze Rois-Dieu dont la puissance a scellé le Roi-Dieu maléfique.