Kirito, Eugeo, et Alice. Six mois se sont écoulés depuis que les deux disciples et un chevalier d'intégrité ont fait tomber le pontifex, Administrator. Les combats terminés, Alice vit dans sa ville natale, le village de Rulid. À ses côtés se trouve Kirito, qui a non seulement perdu son bras et son âme, mais aussi son cher ami. Alors qu'Alice se consacre à s'occuper de Kirito, elle aussi a perdu la volonté de se battre qu'elle avait autrefois en tant que chevalier.
Néanmoins, l'heure de l'épreuve de résistance finale - qui plongera le monde souterrain dans la tragédie - se rapproche inexorablement.
Pendant ce temps, dans les zones les plus profondes du Territoire des ténèbres, le dieu des ténèbres Vecta a ressuscité, comme s'il avait attendu ce moment précis. À la tête d'une armée de forces obscures, ils commencent leur invasion de l'empire humain dans l'espoir d'atteindre la Prêtresse de la Lumière. La force de l'empire humain dirigée par le chevalier de l'intégrité Bercouli se prépare à une guerre d'une ampleur inimaginable contre l'armée du territoire des ténèbres. Mais Alice est introuvable, tout comme les deux héros qui ont sauvé le royaume...