Simon et Kamina sont nés et ont grandi dans un village souterrain profond, caché de la surface légendaire. Kamina est un cannon libre d'esprit déterminé à se faire un nom, tandis que Simon est un jeune garçon timide sans aspirations réelles. Un jour, alors qu'il fouille la terre, Simon tombe sur un objet mystérieux qui s'avère être la clé de contact d'un ancien artefact de guerre, que le duo baptise Lagann. À l'aide de leur nouvelle arme, Simon et Kamina repoussent une attaque surprise de la surface avec l'aide de Yoko Littner, une rousse au sang chaud brandissant une arme massive qui erre dans le monde d'en haut. Au lendemain de la bataille, le ciel est maintenant visible, ce qui incite Simon et Kamina à partir en voyage aux côtés de Yoko pour explorer les friches de la surface. Bientôt, ils se joignent à la lutte contre les "Hommes-bêtes", des créatures humanoïdes qui terrorisent les restes de l'humanité dans de puissants robots appelés "Hommes armés"."Bien qu'ils soient confrontés à des défis et à des revers, le trio combat courageusement ces nouveaux ennemis aux côtés d'autres survivants pour récupérer la surface, tout en découvrant lentement un mystère de la taille d'une galaxie.