Hitomi est transportée de la Terre vers le monde magique de Gaea, où elle rencontre le petit prince Van Fanel, et est pris dans sa quête d'unir les pays de Gaea contre l'empire de Zaibach. En chemin, elle découvre une capacité cachée et s'efforce de démêler des couches de mystère entourant Van, son passé et la machine géante connue sous le nom d'Escaflowne.