La deuxième saison de Toaru Kagaku sans Railgun. Quelque chose de sinistre se passe à Academy City. Les ombres sont remplies de murmures d'une organisation qui clone des étudiants super-puissants appelés espers. Maître de haut rang en électricité, Mikoto Misaka, rit de ces histoires jusqu'à ce qu'elle se retrouve face à face avec une copie d'elle-même. Après avoir appris que ces clones - ses sœurs - sont systématiquement assassinés dans une série d'expériences conçues pour transformer un tueur sadique en l'espereur le plus fort de l'histoire, Misaka s'engage à sauver ses copies et à détruire l'organisation responsable du projet. Alors que Misaka se prépare à affronter l'espereur de pouvoir de l'organisation, elle découvre qu'elle n'était pas la seule victime des forces scientifiques conspirant dans la ville - et c'est quelque chose que Misaka et les filles du Jugement ne défendront tout simplement pas.