Situé dans une ville d'étudiants surhumains scientifiquement avancés, mais dans un monde où la magie est aussi réelle. Touma Kamijou’s main droite, l'imaginaire Breaker, niera tous les pouvoirs magiques, psychiques ou divins, mais pas sa propre malchance. Un jour, il trouve une jeune fille accrochée sur son balcon. Elle s'avère être une religieuse de l'Église d'Angleterre, et son esprit a été implanté avec l'Index-Librorum-Prohibitorum - tous les textes magiques que l'Église a retirés de la circulation.