Une nouvelle super arme est apparue et les navires de Gamilas disparaissent des mers. Dans l'intervalle, le Yamato a quitté le Grand Nuage Magellanique et est sur le chemin du retour vers la galaxie de la Voie Lactée. Pendant le voyage, l'équipage est frappé par une flotte de guerriers gatlantes sous le commandement de Goran Dagam, qui prétend que le Yamatee est sa proie. Après Susumu Kodai au commandement refuse d'abandonner le navire, le Yamato fait une course et finit accidentellement dans un monde étrange qui défie la logique et les lois de la physique. Une équipe d'expédition est envoyée à la surface et fait une expérience vraiment bouleversante qu'ils ne peuvent échapper. À côté, l'équipe ne semble pas être seule après avoir rencontré ses anciens ennemis. Le temps s'écoule et les Gamilas et les Terrons marchent une ligne mince dans un monde qui n'est pas le leur, ayant les Gatlantes assis dans leur cou.