Une crise approche de la Terre avec l'expansion d'un trou noir en mouvement, en 2220. Un plan est conçu pour déplacer plus de 300 millions de personnes de la Terre. Lorsque la dernière flotte de transport est attaquée, le vaisseau de combat Yamato arrive à sa défense, le navire est maintenant commandé par Susumu Kodai, également à bord est la fille Miyuki, enfant de Susumu et Yuki.