La Terre a été conquise par l'Empire maléfique d'Illumidus, avec des parallèles attirés vers l'occupation du Japon après la Seconde Guerre mondiale. Capitaine Harlock avec un groupe qui deviendra ses amis de longue date commencent leur combat contre cette tyrannie visitée sur la planète Terre, sans égard aux coûts que la lutte aura sur eux, ne prenant soin que de l'idéal de restaurer la liberté pour le peuple de la Terre.